Tidak sampai satu tahun Tuono 660 diperkenalkan kepada pasaran, Aprilia kini memperkenalkan Tuono 660 Factory. Sama seperti RSV4 dan Tuono V4, versi Factory ini menerima spesifikasi lebih tinggi dan menyediakan tunggangan yang lebih sporty.

Bagi Tuono 660 Factory, peningkatan yang dibuat turut melibatkan enjin dua silinder 659 cc padanya, di mana ia kini mempunyai tambahan kuasa 5 hp menjadi 100 hp sementara tork pula masih kekal 67 Nm. Transmisi adalah unit enam kelajuan dengan quickshifter yang diberikan standard. Aprilia menjanjikan pecutan yang lebih kuat pada Tuono Factory ini, dengan sprocket yang ditukar kepada 16/43.

Selain daripada itu, berat motosikal ini turut dikurangkan menjadi 181 kg hasil daripada penggunaan bateri jenis lithium ion. Suspensi pula masih sama seperti Tuono 660 biasa, iaitu menggunakan fork Kayaba 41 mm boleh laras sepenuhnya di hadapan dan monoshock Sachs di belakang.

Tuono 660 Factory juga masih menyediakan lima mod tunggangan, tetapi ia ditambah dengan IMU six-axis untuk memberikan input kawalan tambahan kepada Traction Control, Wheelie Control dan juga Cornering ABS. Turut disediakan adalah Engine Braking Control yang boleh dilaras serta cruise control.

Kedua-dua brek bahagian depan dan belakang mendapat angkup Brembo bersama cakera masing-masing 320 mm berkembar dan 220 mm, manakala hos brek pula datang dengan jenis metal-braided. Satu lagi bahagian yang diubah pada Tuono 660 Factory adalah tempat duduknya, yang kini hanya ada satu dan datang dengan penutup di belakang seperti RS660.