Enjin V-twin sudah menjadi sesuatu yang unik bagi model sports Ducati, di mana ia telah menunjukkan kemampuan di dalam dunia perlumbaan, terutamanya World Superbike Championship (WSBK), di mana syarikat pengeluar motosikal dari Itali ini telah mengumpul sebanyak 330 kemenangan, dan ini belum lagi dicampur dengan kemenangan dalam siri perlumbaan lain. Bermula dari model 851 dan 888, enjin V-twin seterusnya digunakan pada 1098, 1198, 1199 dan 1299 Panigale.

Walaubagaimanapun, Ducati akhirnya membuat keputusan untuk menghentikan penggunaan enjin V-twin ini, dan ia bakal diganti dengan enjin V-four yang diasaskan daripada Ducati Desmosedici yang digunakan dalam MotoGP. Sebagai memperingati peristiwa ini, Ducati mengeluarkan model 1299 Panigale R Final Edition, iaitu model terakhir yang akan menggunakan enjin V-twin.

Enjin yang digunakan pada motosikal edisi istimewa ini adalah varian daripada enjin Ducati 1299 Superleggera dan mampu menghasilkan sehingga 209 hp pada 11,000 rpm dan 142 Nm tork pada 9,000 rpm. Ia juga melepasi tahap emisi Euro 4. Kerangka trellis masih dikekalkan, bersama rangka monocoque aluminium dan suspensi Ohlins.

Berat kering motosikal ini adalah 190 kg, dan minyak boleh diisi dalam tangki berkapasiti 17 liter. Bagi menjadikannya bersesuaian sebagai model istimewa, sistem breknya menggunakan unit Brembo – M50 Monobloc di hadapan dan angkup tunggal di belakang.

Sistem elektronik yang disertakan juga serba lengkap, dengan Safety Pack sebagai standard, brek ABS Bosch, cornering ABS dan Inertial Measurement Unit (IMU). Mod tunggangan yang disediakan termasuk Race, Sport dan Wet, bersama Ducati Traction Control EVO (DTC Evo), wheelie control, engine braking serta penganalisa data dengan GPS, pengesan sudut condong dan kalibrasi tayar automatik.

Di dalam enjin motosikal ini, Ducati telah memasang con-rod dan injap titanium, bersama crankshaft yang diimbang untuk mendapatkan kuasa paling maksimum. Melengkapi keseluruhan sistem ini adalah ekzos lengkap Akrapovic yang masih boleh digunakan untuk jalan biasa. Ducati bagaimanapun masih belum mengeluarkan harga untuk model edisi istimewa ini.