Selain M1000RR, BMW Motorrad juga telah memperkenalkan satu lagi model yang diberikan sentuhan M Sport, iaitu M1000R. Menggunakan model naked S1000R sebagai asas, M1000R kemudiannya dipertingkat dengan barangan prestasi serta aksesori gentian karbon.

Sama seperti M1000RR, enjin M1000R ini menggunakan unit empat silinder sebaris dengan sistem Shiftcam dan sekarang ia boleh dikerah sehingga 14,600 rpm. Kuasa enjin ini meningkat menjadi 210 hp pada 13,750 rpm, iaitu sekitar 45 hp lebih tinggi berbanding S1000R biasa, sementara tork maksimum pula adalah 113 Nm pada 11,000 rpm (S1000R 114 Nm pada 9,750 rpm).

Dengan berat hanya 199 kg dalam keadaan sedia ditunggang, M1000R didatangkan dengan kotak gear enam kelajuan bersama quickshifter naik dan turun gear. Demi menghasilkan tujahan yang lebih mengujakan, nisbah gear motosikal ini telah diubah dan sprocket belakangnya menggunakan saiz yang lebih besar.

Walaupun merupakan sebuah motosikal naked, M1000R masih dipasang dengan winglet pada panel tepinya bagi memberikan lebih stabiliti pada kelajuan tinggi. Bentuk winglet ini direka untuk mengurangkan daya geseran angin dan meningkatkan daya tolak ke bawah sehingga 11% pada kelajuan 160 km/j.

Antara yang baru pada M1000R adalah brek M Sport, sama seperti M1000RR. Brek ini dibangunkan menggunakan teknologi serta pengetahuan yang diperoleh daripada penyertaan BMW dalam Superbike World Championship, dan dijadikan menonjol denagn warna biru dan logo M.

M1000R didatangkan dengan rim aloi lightweight, sementara apabila memilih pakej M Competition pula, pemilik akan menerima rim gentian karbon M serta beberapa barangan lain seperti pelindung tangki, rantai serta roda hadapan dan belakang gentian karbon, peletak kaki M boleh laras, serta penutup tempat duduk belakang.